Fakultet inženjerstva i prirodnih nauka osnovan je 1959. kao Visoka tehnička škola metalurške struke, koja 1961. godine prerasta u Metalurški fakultet, Univerziteta u Sarajevu.
Prvi zadatak Metalurškog fakulteta je bio obrazovanje metalurških inžinjera za potrebe Željezare Zenica, koja je izgrađena daleke 1892. godine. Smjer za ljevarstvo na Fakultetu je uveden 1964. godine, a 1969. i smjer za obojenu metalurgiju. Ovi smjerovi prerastaju u odsjeke. U akademskoj 1989/90. uvodi se novi odsjek Metalni materijali. Uvođenjem odsjeka Metalni materijali Fakultet je postao atraktivniji i otvorena je mogućnost obrazovanja inženjerskog kadra koji je našao svoje mjesto u mnogim industrijskim granama.
U toku rata Fakultet, iako pod vrlo teškim uslovima, je radio bez prekida. Odmah nakon završetka rata pokrenuta je inicijativa za transformaciju Fakulteta kojom bi ponovo dobio na atraktivnosti i zadovoljio potrebe za stručnim kadrom u BiH na najbolji mogući način. Transformacija je završena u akademskoj 1998/99. godini uvođenjem odsjeka nemetalni materijali i Fakultet je zvanično promijenio ime u Fakultet za metalurgiju i materijale.
Naime, naš Fakultet je bio i još uvijek je jedini Fakultet u BiH na kojemu su se izučavali metalni materijali kako što se tiče njihovog dobivanja i prerade tako i njihovog dizajniranja. Medutim, rastuća potražnja za nemetalnim materijalima kako u svijetu tako i kod nas kao i činjenica da se u BiH nalaze bogata nalazišta nemetalnih i mineralnih sirovina su stvorile potrebu studijskog izučavanja ovih materijala kao i obrazovanja kadrova za ovu industrijsku granu. Uvođenjem Odsjeka nemetalni materijali izučavanje materijala na našem Fakultetu je zaokruženo. Od akademske 2006/2007. godine na Fakultetu je uveden Odsjek za hemiju sa smjerom hemijsko inženjerstvo.
Od akademske 2017/2018. godine Fakultet mijenja ime u Metalurško-tehnološki fakultet čemu je prethodila detaljna analiza rada i revizija nastavnih planova i programa na svim studijskim programima. Prateći trendove razvoja sličnih fakulteta iz okruženja (fakulteta koji obrazuju kadrove sličnih ili istih profila) primjetno je da su njihovi nazivi ili tehnološko-metalurški, ili metalurško-tehnološki sa daljnjom podjelom na studijske programe.
U 2018. godini Naučno-nastavno vijeće Fakulteta je Senatu Univerziteta uputilo inicijativu za pokretanje dva nova studijska programa na I. ciklusu; Inženjerstvo okoliša i Zaštita na radu i zaštita od požara. U ak. 2021/22. godini upisani su i prvi studenti na ova dva nova odsjeka.
Zbog uvođenja novih odsjeka i mogućnosti proširenja matičnosti Fakulteta, te jačanja tehnološko (tehničke) komponente na Univerzitetu u Zenici i boljeg pozicioniranja tehnoloških/tehničkih i prirodnih znanosti, odnosno naučnih disciplina u kontekstu društvenih potreba i razvoja kako privrede tako i naučne misli u matičnim oblastima, fakultet u ak. 2023/24. godinu ulazi pod novim nazivom Fakultet inženjerstva i prirodnih nauka.
Od osnivanja do danas na Fakultetu je ukupno diplomiralo 1350 studenta. Naučni stepen magistra je steklo 70 kandidata i 46 kandidata su stekli naučni stepen doktora nauka.
